W Ninja Runner można grać klikając na ekranie. Za każdym razem, gdy klikniesz na ekranie, twój bohater skacze w powietrze. W ten sposób twój bohater kontynuuje swoją drogę, skacząc w powietrze, nie spadając na przeszkody i luki. Ninja zbiera złoto w powietrzu i wypełnia skarbiec. Dzięki każdemu licznikowi, który biega, zdobywa punkty. Nawet gdy popełni błąd, to znaczy, jeśli uderzy w przeszkodę lub spadnie ze ścian na głębokie wody, pali się i gra się kończy. Na ekranie końcowym wyświetlany jest również wynik zebrany w sekcji WYNIK, ilość złota zebranego w sekcji MONETY oraz odległość, jaką pokonuje w sekcji ODLEGŁOŚĆ. Zagraj w grę runner ninja, zbierając jak najwięcej pieniędzy do swojego bohatera i zabierając go na najdalszy dystans.